Las universidades de todo el país son examinadas por distintos organismos para asegurar que haya educación de calidad, investigación, acreditación de planes de estudio, internacionalización, así como competitividad para la vida laboral; estos vigilantes son:
- Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES): asociación no gubernamental que agrupa a las mejores universidades con el fin de mejorar el sistema de educación superior.
- Federación de Instituciones Mexicanas Particulares de Educación Superior (FIMPES): agrupación de particulares con la meta de mejorar la comunicación y la colaboración educativa del país.
Las universidades con mejor nivel en el estado, según estos parámetros son:
- Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ)
- Instituto Tecnológico de Querétaro (ITQ)
- Tecnológico de Monterrey (ITESM)
- Universidad Aeronáutica de Querétaro (UNAQ)
- Universidad Anáhuac Querétaro
- Universidad Tecnológica de Querétaro (UTEQ)
- Universidad Politécnica de Querétaro (UPQ)
- Universidad Mondragón (UCO)
- Universidad Marista
- Universidad del Valle de México (UVM)
